En application de la directive "Nitrates", des programmes d’actions sont définis et rendus obligatoires sur les zones vulnérables aux pollutions par les nitrates d’origine agricole. Ils comportent les actions et mesures nécessaires à une bonne maîtrise des fertilisants azotés et à une gestion adaptée des terres agricoles, afin de limiter les fuites de nitrates vers les eaux souterraines, les eaux douces superficielles, les eaux des estuaires et les eaux côtières et marines.

La mise en œuvre de cette directive en France a donné lieu depuis 1996 à six générations de programme d’actions. Depuis la cinquième génération, le programme d’actions « nitrates » est constitué :

d’un programme d’actions national, qui contient huit mesures obligatoires sur l’ensemble des zones vulnérables françaises

et de programmes d’actions régionaux qui, de manière proportionnée et adaptée à chaque territoire, renforcent certaines mesures du programme d’actions national et fixent des actions supplémentaires nécessaires à l’atteinte des objectifs de qualité des eaux vis-à-vis de la pollution par les nitrates.

Le 21 décembre 2018, un nouveau programme d’action régional a été adopté pour la région Occitanie.