Un contrat de milieu est un instrument d'intervention a l'échelle du bassin versant. Comme le SAGE, il fixe pour la rivière des objectifs de qualité des eaux, de valorisation du milieu aquatique et de gestion équilibrée des ressources en eau et prévoit de manière opérationnelle (programme d'action sur 5 ans, désignation des maitres d'ouvrage, du mode de financement, des échéances des travaux, etc...) les modalités de réalisation des études et des travaux nécessaires pour atteindre ces objectifs. Contrairement au SAGE, les objectifs du contrat de rivière n'ont pas de portée juridique.Le contrat de milieu englobe les notions de contrat de rivière, de lac, de baie, ou de nappe.Ces contrats sont signes entre les partenaires concernés : préfet(s) de département(s), agence de l'eau et les collectivités locales (conseil général, conseil régional, communes, syndicats intercommunaux...). Ne sont prises en compte que les procédures suivies en comité de bassin.

Les textes de référence sont la circulaire du 5 février 1981 portant sur les contrats de rivières et la circulaire ministérielle n°3 du 30 janvier 2004 relative aux contrats de rivière et de baie.

Un contrat de milieu ne possède pas de texte réglementaire fondateur. Un comité de rivière peut, en théorie, être créé sans qu'il y ait mise en place d'un contrat de milieu par la suite. L'acte donnant sa réalité au contrat de milieu est la signature du contrat par les partenaires concernés (or un contrat n'est pas un texte réglementaire).